Im Spiel gibt es mehrere besondere Waffen, die ihr sammeln könnt, die sog. Waffen der Finsternis. Einige könnt ihr erst bekommen, nachdem ihr in Flanoir mit dem Mann rechts vor dem zugesperrten Gebäude geredet habt. Von ihm erhaltet ihr eine der Waffen und Nebilims Schlüssel, mit dem ihr schwarze Truhen öffnen könnt, die weitere Waffen enthalten. Es gibt folgende Waffen:
- Auge der Finsternis: Toize-Mine. Nachdem ihr das nervige Plattending zerbrochen habt, untersucht es.
- Nebilim: Flanoir. Redet mit Abyssion (der Mann rechts vor dem zugesperrten Gebäude, dafür benötigt ihr Auge der Finsternis) und ihr erhaltet von ihm Nebilim sowie Nebilims Schlüssel.
- Fafnir: Gaoracchia-Wald. Sucht nach der schwarzen Schatztruhe. Mit Nebilims Schlüssel könnt ihr sie öffnen.
- Höllenschlund: Tempel der Erde. Nachdem ihr Gnome besiegt habt, lauft durch den Geheimgang nach unten und redet mit den Gnomen rechts. Fliegt zu Altessas Haus und redet mit dem Gnomelette links. Kommt zurück zum Tempel der Erde, die Gnomelettes lassen euch nun durch. Öffnet die schwarze Schatztruhe.
- Desaster: Altamira, nachts. Fahrt zum Kasino / Theater.
- Gamecube-Version: Auf der Brücke steht ein Mann, dem ihr die Waffe abkaufen könnt.
- neuere Spiel-Versionen: Ihr müsst die Waffe im Kasino erwerben. Kauft oder erspielt euch genug Jetons, um sie gegen das “Teufelsspielzeug” einzulösen. Details zum Kasino und die beste Art, Jetons zu gewinnen, findet ihr im Kasino-Guide
- Seelenfresser: Triet. Nach der Rückkehr aus Tethe’alla. Redet mit dem Mann neben dem Item-Shop und dem Mann neben dem Hund im nördlichen Bereich. Verlasst Triet und geht nach Nordnordwesten. Lauft zu einer blauen Aura, die wie ein Skit-Punkt aussieht. Es folgt ein Zwischenkampf, wenn ihr den Gegner besiegt erhaltet ihr die Waffe.
- Diabolo: Latheon-Schlucht. Die Waffe befindet sich in einer schwarzen Schatztruhe.
- Apokalypse: Welgaia. Öffnet die schwarze Schatztruhe in einem der Gebäude.
- Herz des Chaos: Flanoir. Nach der finalen Szene redet zunächst mit Abyssion, dann geht zum Hakonesia-Pass und sprecht mit Koton. Wenn ihr die Waffe hier nicht erhaltet, solltet ihr zunächst die anderen Waffen sammeln und es dann erneut versuchen.
Nachdem ihr alle Waffen der Finsternis gesammelt habt, geht zum Tempel der Dunkelheit und bis zum Siegel. Sprecht mit Abyssion und besiegt den Endboss.
Boss: Spoiler - klicke zum enthüllen
Nach dem Kampf könnt ihr die Waffen richtig benutzen. Sie werden nun immer stärker, je mehr Feinde ihr damit besiegt (auch wenn ihre Stats das nicht widerspiegeln, ihr müsst ihre Stärke also im Kampf testen). Presea erhält außerdem den Titel Einsame Seele.